小麦研究所设党政办公室和3个研究室
一、党政办公室
主任:尚海英
二、小麦分子遗传与基因工程育种研究室
主任:陈国跃 副主任:祁鹏飞
三、小麦细胞遗传与染色体工程育种研究室
主任:颜泽洪 副主任:郝 明
四、小麦族系统学与资源利用研究室
主任:王 益 副主任:吴丹丹