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学术报告:Develop database and web server for bioinformatics analysis

点击数:1338发布时间:2017-03-21 17:34:11 来源: 四川农业大学·小麦研究所

报告人:

              王翊 博士, 加州大学伯克利分校

报告时间:

               2017324日15:00

报告地点:

               1305


报告摘要:

随着各种生物数据的不断累积,开发生物信息软件工具,特别是在线数据库和分析平台,进而方便研究人员使用,获得可视化的结果,是生物信息学研究的重要方向。本报告将分别以PIECE(植物基因内含子和外显子进化数据库)和OrthoVenn(同源蛋白在线聚类分析平台)为例子,按照软件的开发流程,讲述如何整合和利用生物信息数据来开发在线工具,分享开发过程中的技巧和经验。

 

报告人简介:

王翊博士,2002获浙江大学学士学位,2005年获电子科技大学硕士学位,2009年获重庆大学博士学位,2009-2010诺京生物软件公司软件开发工程师,2010-2015加州大学戴维斯分校和美国农业部西部研究中心博士后,2015-至今加州大学伯克利分校副项目研究员,并以生物信息专家身份加入多个美国国家科学基金项目和美国农业部项目。研究方向主要为生物大数据分析,数据库和web开发,计算生物学,微生物组学等。

熟悉各种组学分析流程,包括基因组,转录组,微生物组等,能参与其它各种项目进行生物大数据分析。主持国家自然科学基金、重庆市自然科学基金,参加美国国家科学基金(NSF)、美国农业部(USDA)。以生物信息专家身份加入小麦D基因组计划,协作完成全基因组的拼接和分析。

5年以第一作者发表在生物信学top杂志发表论文6篇,其中《Nucleic Acids Research(4),《Bioinformatics(2) ,总引用接近350

5年开发的数据库和工具包括:

1. 植物基因结构比较和进化数据库 http://probes.pw.usda.gov/piece/

2. 拟南芥蛋白互作数据库 http://probes.pw.usda.gov/AIM/

3. 植物retrocopy基因数据库 http://probes.pw.usda.gov/plantrgdb/

4. 小麦D基因组标记数据库 http://probes.pw.usda.gov/WheatDMarker/

5. Aegilops tauschii基因组测序数据库 http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/

6. Parthenium argentatum基因组测序数据库 http://probes.pw.usda.gov/Guayule/

7. 小麦D基因组repeat junction标记数据库 http://probes.pw.usda.gov/ATRJM/

8. 物种同源蛋白聚类工具 http://probes.pw.usda.gov/OrthoVenn/

9. 基因集合在相互作用组上的注释工具http://probes.pw.usda.gov/NetVenn/

10. 多倍体基因组特异引物设计工具http://probes.pw.usda.gov/GSP/

11. 微生物组核心发现、注释和可视化工具http://probes.pw.usda.gov/MetaCoMET/